اساس مراکز آموزش عالی و دانشگاه ها در سراسر جهان عموما مبتنی بر آموزش است و کلیه خدمات، فعالیت ها، برنامه‌ریزی‌ها و تلاش‌هایی که در این مراکز انجام می گیرد همه در راستای تحقق اهداف آموزشی است. آموزش به عنوان یکی از اساسی‌ترین اصول شکل‌گیری هر سازمان با گستردگی و تعاملات متفاوت می باشد و همچنین به عنوان اصل اول در تربیت نیروی انسانی و استفاده صحیح از تکنولوژی و برنامه ریزی سیستمی نقش غیر‌قابل‌انکاری دارد. بدیهی است که چنین مقوله ای بایستی با برنامه‌ریزی حرفه ای و ستادی و عملکرد گسترده و فراگیر سازماندهی‌گردد. در دهه های گذشته کوشش بسیاری در جهت ابداع روشهای گوناگون به منظور بهبود آموزش و ارتقائ کیفیت آن انجام گرفته است. رشد و توسعه تکنولوژی آموزشی، افزایش و تنوع ابزار و وسایل کمک آموزشی گسترش سازمانهای خدمات آموزشی در مراکز آموزش عالی همگی در جهت دستیابی به زمینه های هر چه بهتر و مساعدتر به منظور کمک به ارتقاء کیفیت آموزشی و تلاش در جهت ارایه خدمات مناسب آموزشی است.در همین راستا معاونت آموزشی دانشگاه علوم پزشکی بیرجند چارت تشکیلاتی و ساختار حوزه خود را مورد بازبینی و بررسی های کارشناسی متعدد قرار داده و طی بررسی انجام گرفته در سطح دانشگاه و وزارت راه اندازی مدیریت تحصیلات تکمیلی در دستور کار قرار گرفت که پس از طی مراحل اداری در نهایت این مدیریت به تصویب رسیده و تشکیل گردید. اهم وظایف این مدیریت اجرای سیاست‌های کلی و مصوب وزارت و اجرای مقررات آموزشی و آیین نامه های موجود، گسترش کیفی و کمی فعالیتهای آموزشی در حیطه تحصیلات تکمیلی و نظارت بر حسن اجرای فعالیتهای آموزشی مرتبط در دانشکده ها و مراکز آموزشی دانشگاه می باشد تا با ایجاد هماهنگی و وحدت رویه در سطح دانشگاه دانشجویان را از بدو ورود تا فارغ التحصیلی بطور مطلوبی مدیریت و هدایت نماید.این مدیریت سعی خواهد نمود تا با هدایت، برنامه ریزی، نظارت، ارزشیابی و حمایت ستادی از فعالیتهای کیفی آموزشی در حیطه تحصیلات تکمیلی با بهره مندی از فرهنگ سازمانی مناسب و با بکار گیری کارشناسان خبره و تلاش در جهت استفاده از اصول مدیریت کیفیت جامع و بهره مندی از فن آوری نوین در تسریع و کارآمد سازی فرآیندها و توسعه تحصیلات تکمیلی دانشگاه در جلب رضایت دانشجویان و اعضای‌ محترم هیات علمی گام برداشته و نهایت همت خود را برای پاسخ  به نیازهای ایشان صرف کند

دانش آموختگان مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری حرفه ای برای تکمیل آموخته های قبلی خود میتوانند به ترتیب در مقاطع بالاتر نظیر کارشناسی ارشد، دکتری تخصصی(ph.d) تخصص و فوق تخصص به ادامه تحصیل بپردازند. هدف کلی مدیریت تحصیلات تکمیلی دانشگاه، حفظ و توسعه کمی و کیفی تحصیلات تکمیلی در دانشگاه و نظارت بر اجرای قوانین مربوطه می باشد. در حال حاضر دانشگاه علوم پزشکی بیرجند در 13 رشته کارشناسی ارشد، 3 رشته دکتری تخصصی، 2رشته دکتری پژوهشی، 9رشته دستیار تخصصی بالینی دانشجو می پذیرد.